Kritéria environmentálně šetrného obchodu a služeb označení ZeleNEJ obchod vycházejí ze standardů udržitelné spotřeby (environmentální, ekonomický a sociální) a z definovaných oblastí. Oblasti představují okruh standardních činností a aktivit daného podnikatelského subjektu, se kterými se setkává během svého provozu a má možnost jejich změny.

Definované oblasti:

1.	Prací, čisticí a dezinfekční prostředky
2.	Nakládání s odpady
3.	Nákup zboží a služeb (kancelářské potřeby a vybavení kanceláře)
4.	Hospodaření s vodou
5.	Energie – zdroje energií a úsporná opatření
6.	Doprava
7.	Ochrana klimatu
8.	Potraviny – stravování a občerstvení
9.	Obchod a komunita
10.	Mezinárodní otázky

Celkové bodové ohodnocení vyplývá ze součtu bodů kritérií. Množství získaných bodů je vyděleno celkovým počtem potenciálních bodů a je vypočítán procentuální podíl vyjadřující míru plnění kritérií označení ZeleNEJ obchod. Posléze je subjektu udělena příslušná úroveň značky – 3 úrovně značky ZeleNEJ obchod.

Získaní značky ZeleNEJ obchod předchází provedení vstupního auditu, který je uskutečněn formou in-site. Jedná se o vstupní jednání, při kterém je dle předem stanovených otázek a položek (vyplývající ze stanovených environmentálně šetrných kritérií), tzv. check listu, zjištěn aktuální stav provozu daného subjektu. Výstupem auditu je zpráva, ve které jsou zaznamenány základní informace, závěry ke každému kritériu a návrh doporučení vedoucí ke splnění dalších kritérií. Zpráva je vyhotovena v elektronické verzi, stvrzena podpisem garanta označení ZeleNEJ obchod a v elektronické podobě zaslána nositeli značky ZeleNEJ obchod. 

Pravidla a postup získání značky ZeleNEJ obchod ke stáhnutí.

Garantem značky ZeleNEJ obchod je nestátní nezisková organizace CI2, o. p. s.